Két nagy csoportot különböztetünk meg: az elsődleges (primer) és a másodlagos (szekunder) fejfájásokat.

1. Elsődleges fejfájások: ide tartozik a tenziós fejfájás és a migrén. Az elsődleges fejfájás kifejezés azt jelenti, hogy a betegség maga a fejfájás.
2. Másodlagos fejfájások: az ebbe a csoportba tartozó fejfájások hátterében a szakorvosi és műszeres diagnosztikai vizsgálatok segítségével egyértelműen kimutatható kórok áll. Így állhat a háttérben például szemészeti probléma, melléküreg-gyulladás, fogászati betegség, különböző gyulladásos betegségek, agydaganat, agyvérzés, agyhártyagyulladás.